兩岸企業家峰會2008年發端于江蘇省南京市，在國務院臺辦、有關中央部委的關心指導和江蘇省委省政府、南京市委市政府的大力支持下，圍繞深化兩岸經貿合作和推動企業轉型升級主題，分別于2008年、2010年和2011年成功舉辦三屆兩岸企業家紫金山峰會，受到了兩岸各界的廣泛關注。

隨著兩岸關系和平發展不斷鞏固深化，兩岸經貿關系已經進入了一個新階段，兩岸產業的交流與合作也需要新思維、新做法。有鑒于此，兩岸經濟界迫切需要成立一個最具權威性、開放性、務實性的高端交流合作平臺。自2012年起，峰會與兩岸經貿文化論壇、兩會商談、海峽論壇并列為兩岸四大交流合作平臺，成為以兩岸企業家為主體，以匯聚企業家智慧、加強對話交流、深化產業合作為特色的兩岸企業界最有影響的交流平臺。在2012年峰會上，時任中共中央政治局常委、全國政協主席賈慶林宣布開幕，中國國民黨榮譽主席連戰出席并致辭。與會政經產學界人士發布共同倡議，建議成立兩岸企業家峰會社團，除每年輪流在大陸及臺灣舉行年會之外，根據兩岸企業界的實際需求設立七個產業合作推進小組，開展常態化的交流，以具體務實的方式推動兩岸企業的合作，進一步鞏固和深化峰會年會成果。

2013年，習近平總書記兩次會見蕭萬長先生，強調要加強兩岸經濟合作制度化建設，并更加重視促進產業合作，積極評價兩岸企業家峰會為兩岸企業和經濟界人士搭建了交流對話的高端平臺，希望雙方共同努力把峰會辦好，并預祝峰會取得圓滿成功。在兩岸雙方的共同努力下，峰會組織化、機制化、長效化建設和峰會年會籌備工作取得扎實進展。2013年7月，兩岸企業家峰會社團分別在北京、臺北成立，300多位兩岸知名企業家和工商團體負責人加入峰會成為會員，選舉產生峰會領導機構。中共中央政治局原委員、國務院原副總理曾培炎和臺灣地區前副領導人蕭萬長分別當選雙方峰會理事長，十屆全國人大常委會副委員長兼秘書長盛華仁、臺灣海基會原董事長江丙坤分別擔任雙方峰會副理事長，并邀請一批兩岸政經產學界知名人士擔任峰會顧問和特聘專家。兩岸峰會理事會分別下設宏觀經濟、能源石化裝備、金融、信息家電、成長型和中小企業、文化創意、生物科技與健康照護等七個產業合作推進小組，由兩岸相關主管部門前負責人和知名企業家擔任召集人，開展經常性的交流互訪和產業對接活動。峰會大陸方面秘書處在北京市辦公，峰會臺灣方面秘書處在臺北市辦公。南京市為峰會年會大陸永久舉辦地。國務院臺灣事務辦公室為峰會社團主管部門。

兩岸企業家峰會社團自成立以來，秉持“推動兩岸企業家之間的交流，推進兩岸產業合作，深化兩岸經濟互利合作，維護兩岸關系和平發展，振興中華民族經濟”的宗旨，分別于2013年、2014年和2015年成功舉辦了三次峰會年會。