主站房雙層設計

改擴建后的廈門火車站，旅客進出模式將調整為雙層設計的“高進低出”，上面為出發旅客，下面為到達旅客；并采用高架候車室，設計標準為小時最高峰聚集人數4000人。

南、北兩個站房中間是股道，站場規模也由現在的3站臺5股道擴大至5站臺9股道，列車接待能力大幅提升。同時，廈門火車站改擴建后的人工售票窗口將有36個，自動售票機10臺。

建成后，廈門火車站將擁有南、北兩個廣場，現有的北廣場改造后占地1.4萬平方米，新增的南廣場占地3.2萬平方米。南、北廣場將形成集鐵路、長途汽車、出租車、公交和社會車輛等為一體的城市綜合交通樞紐中心。